Les premières traces de sa construction remontent au tout début du XII^e siècle , en 1132 lorsque Jean de Chaudenay fit ériger un château neuf pour son fils, qui en prit possession en 1175. Le donjon carré date de cette époque.

   Le château est bâti sur un éperon rocheux culminant à quatre cent soixante-quinze mètres.

   Au milieu du XIV^e siècle, la guerre de Cent Ans amène dans la région les grandes compagnies. L’enceinte et les cinq tours, reliées par des courtines, s’élèvent alors pour protéger seigneurs et villageois…

   Après avoir traversé le Moyen Âge et ses tourments, la lignée des Châteauneuf s’éteint en 1457,lorsque Catherine de Châteauneuf est condamnée au bûcher pour avoir empoisonné son époux. La seigneurie est confisquée et confiée par le duc Philippe le Bon à son conseiller Philippe Pot, futur Grand sénéchal de Bourgogne, Chevalier de l’Ordre de la Toison d'Or, puis Chevalier de l'Ordre de Saint Michel. La vie à la forteresse devient moins martiale. Une chapelle et un logis sont construits dans la cour, dans un style gothique flamboyant. Sur le manteau de la cheminée monumentale de la salle des Gardes figure la devise de Philippe Pot "Tant L Vault".

   Le château de Châteauneuf-en-Auxois conserve la réplique polychrome de son tombeau dont l'original est conservé au musée du Louvre .

   Philippe POT étant mort sans descendance en 1493, le domaine passa d'abord à son frère Guy POT, puis au gré des alliances et des héritages, dans les familles de MONTMORENCY et de LUXEMBOURG.

   Après des revers de fortune, Marie Liesse de Luxembourg, qui avait hérité de Châteauneuf, entrait en religion chez les carmélites et, en septembre 1627, vendait le château et ses terres à Charles de VIENNE, Comte de Commarin.

    Durant 140 ans, Châteauneuf demeura dans la Maison de VIENNE, c'est à dire jusqu'à ce que Louis Henri de VIENNE, confronté à son tour, à des difficultés financières, vende, le 22 Mars 1767, domaine et château, à un riche banquier parisien, M. PARIS de MONTMARTEL.
Décédé, peu après son acquisition, ce dernier laissa ses biens à son fils Armand PARIS, marquis de Brunoy, lequel mourut sans postérité. Ce sont ses héritiers qui vendirent, de nouveau, le tout, en 1783, à Jacques François DAMAS, marquis d'Antigny. M de DAMAS, possédant déjà par héritage de sa mère, Marie Judith de Vienne, la terre de Commarin, reconstituait ainsi, dans son ensemble, le domaine autrefois formé par son trisaïeul Charles de VIENNE.

    Assiégé lors des guerres de religions en 1590, le château passe ensuite entre les mains de plusieurs familles aristocratiques qui poursuivent l’aménagement intérieur et la transformation des logis.

  A l'instar de la plupart des communautés paroissiales, celle de Châteauneuf se réunit le 15 Mars 1789 pour délibérer sur la requête à présenter au roi.
Entre autres griefs, ce "cahier de doléances" met en évidence le non respect du titre d'affranchissement, accordé, en Avril 1267, par Jehan III de Châteauneuf, aux "habitants de la Ville", charte qui leur valut, d'ailleurs, d'être dénommés "les francs bourgeois de Châteauneuf".
M. de DAMAS est arrêté... 3 fois et 3 fois relâché, après intervention des habitants et des administrateurs du district d'Arnay .

    En 1793, la Terreur s'accompagne de mesures radicales.

Dans sa ronde infernale, la tourmente balaye même les noms des villages "porteurs d'ignorantisme"
Ainsi CHÂTEAUNEUF devient MONTFRANC (contraction de Mont affranchi) tandis que la commune (qui s'est substituée à l'ancienne paroisse) est élevée au rang de Chef-lieu de canton et dotée, comme telle, d'une garnison de la Garde Nationale.
Comme dans beaucoup de cités, MONFRANC eut sa troupe de sans culottes qui, dans sa frénésie de déchristianisation et de refus de tout ce qui pouvait évoquer le temps des seigneurs, se livra à un vandalisme gratuit sur statues, blasons et autres cartouches armoriés.
Le Château, l' église, les portes de l'ancienne enceinte et les façades de quelques maisons portent, encore aujourd'hui, les stigmates de cet acharnement destructeur.

   En 1936, le comte de Vogüe, qui l’habita, en fait don à l’Etat. Le château, classé monument historique depuis 1894 devient alors, avec le village, un site protégé, ce dernier obtenant même la labellisation de plus beau village de France.

   La plupart des bâtiments érigés ou transformés entre le XII^e et le XVIII^e siècles sont ouverts au public :

• le donjon (XII^e siècle), une tour carrée dans laquelle on entrait à l’origine par une porte située au 1^er étage

• le Grand logis (XV^e siècle), avec son architecture gothique, ses tapisseries des Flandres, ses appartements et son mobilier médiéval, ses pièces XVII^e et XVIII^e siècle ;

• le Logis de Philippe Pot (XV^e siècle), dont les ornements de façade s’apparentent à ceux de l’ancien palais ducal de Dijon ;

• la chapelle, avec ses carreaux vernissés, ses peintures « à la détrempe » du XV^e siècle représentant
  les douze apôtres et le Christ, qui abrite aussi une copie du gisant de Philippe Pot conservé au Louvre ;

• la tour sud (XIV^e siècle) et son appareillage militaire surplombant la vallée. <br>Châteauneuf-en-Auxois, c’est aussi une atmosphère bien particulière, celle qui régnait peut-être à la cour des ducs de Bourgogne… <br>ou à l’époque de Louis XVI. Ici, l’Histoire ne s’est pas figée.

    Le château est ouvert à la visite toute l'année

La visite du château est possible en langue des signes française sur réservation.

   Depuis le 1^er janvier 2008, la forteresse est propriété du conseil régional de Bourgogne, qui en assure la gestion, l’entretien et le fonctionnement. Ce changement de propriétaire découle de la loi de décentralisation d’août 2004, qui prévoyait le transfert aux collectivités territoriales de plusieurs dizaines de monuments et de sites classés appartenant jusqu’alors à l’Etat.

   La Région s’est portée volontaire pour Châteauneuf-en-Auxois avec la volonté affichée de poursuivre sa restauration et d’en faire la pièce maîtresse d’un projet patrimonial et culturel axé sur la Bourgogne ducale. Car bien au-delà de sa dimension touristique, le château fait partie de l’identité et de la mémoire collective bourguignonne. Il fut aussi un des témoins de l’apogée de la période ducale, de son rayonnement artistique, économique et politique. Depuis mars 2009, le Château bénéficie d'un nouveau mobilier grâce aux dépôts effectués par le Musée des Beaux Arts à Dijon, le Centre des Monuments Nationaux et le Musée des Arts Décoratifs à Paris.

   Le Château de Mâlain est un édifice défensif de la fin du XIIe siècle, mi XIIIe, construit sous l'ordre des Montagu, aïeux des Ducs de Bourgogne et seigneurs de Sombernon et de Mâlain (de 1250 à 1423).

   A la fin de ce règne, le monument connu plusieurs propriétaires au cours des XVe et XVIe siècles, tous du même titre, comme les Villers Sexel, les Bauffremont, les Sercey, les Riollet, les Martin de Choisey, les Croisier de Sainte Segraux, ainsi que les " nouveaux Mâlain " dont le dernier représentant, Edme de Mâlain fut Lieutenant Général de Bourgogne.

    De ces différents seigneurs en découle de nombreuses transformations. C'est ensuite la famille Brulart qui en 1598 repris le Château et ce jusqu'en 1703 pour l'abandonner à nouveau au Luynes, puis au Seigneur Abel-Claude-Marie de Vichy Champrond, propriétaire jusqu'à la Révolution où il dû aller se battre à Lyon. Bléssé puis fait prisonnier, il fut fusillé en 1793. C'est ainsi que le Château fut délaissé, dépouillé par les hommes et rongé au fil des années par la végétation.

Ce n'est qu'en 1985 que le Groupe Archéologique du Mesmontois, une association de bénévoles décida de le faire renaître. Un grand travail de recherches a été fait par cette association, ce qui a permis de connaître l'ancienne architecture de l'édifice et de procéder à une restauration.

   A 470 m d'altitude, l'édifice domine le village mais offre également un magnifique panorama sur la vallée et les alentours. C'est en été que le Château est le plus au centre des festivités, notamment avec la Fêtes des Sorcières, manifestation médiévale organisée par les habitants, qui a lieu tous les deux ans dans le village. Un repas médiéval et des représentations y sont d'ailleurs orchestrés en ce lieu.

  Couronnant l’éperon rocheux qui domine le village, le château fort médiéval est accessible par un sentier. Visite de la partie haute du château de Pâques à la Toussaint.

   De la construction des XII/XIII° s. subsistent le plan général, d’importants tronçons de murailles et quelques salles comme le cachot et la chapelle ; mais la plupart des vestiges visibles sont de la fin du XV° - la grosse tour ronde à canonnière et l’essentiel du logis supérieur- ou même de la fin du XVI° s. – l’enceinte de la basse-cour et l’entrée -, époque où le château, transformé en place forte, est un enjeu local important des guerres de religion opposant le roi aux Ligueurs.